Het management van de Yulius Academie is verantwoordelijk voor de drie hoofdsecties:
De directie wordt ondersteund door Bureau Research en het directiesecretariaat. De bibliotheek van Yulius is eveneens een onderdeel van de Academie.
Daarnaast is de Academie betrokken bij diverse commissies en platforms binnen Yulius: de Werkgroep Protocolbeoordeling, Centrale Opleidingscommissie en Stuurgroepen van ontwikkelingsprojecten.